tcr.analises			package:"Trabalhos finais da disciplina BIE5782 - USP"			R Documentation


Converses de medidas dendromtricas, clculo da taxa de crescimento relativo, anlise exploratria de dados e aplicao de teste estatstico 


Description:

Realiza converso entre as unidades dendromtricas de PAP, DAP e rea Basal. Alm disso, a partir de um conjunto de dados temporais (de um tempo inicial e final), faz o clculo das taxas de crescimento relativo de rvores e identifica indivduos com crescimento negativo, o que pode servir de alerta para o pesquisador da existncia de erros de mensurao ou da interferncia de fatores naturais como a inclinao da rvore, a perda de casca e/ou morte do exemplar, por exemplo. A funo cria grficos para anlise exploratria de dados e aplica, se desejvel, um teste estatstico comparativo das taxas de crescimento relativo entre classes.    

	
Usage:

tcr.analises(x, medida, n.max.ramos, delta.t, teste=FALSE, n.classes)


Arguments:

x		um data.frame (ver detalhes)
medida		"PAP"(permetro a 1.3 m do solo), "DAP"(dimetro a 1.3 m do solo) ou "AB" (rea basal do ramo)
n.max.ramos 	nmero mximo de ramificaes observado no conjunto de unidades amostrais 
delta.t		perodo de tempo entre a obteno das medidas dendromtricas iniciais e finais apresentadas
teste		TRUE para a realizao de teste estatstico comparativo entre as taxas de crescimento positivas e FALSE (default) para a no realizao. 
n.classes	nmero de classes a serem consideradas pelo teste estatstico. A funo compara duas ou trs classes.


Details:

As colunas 1, 2 e 3 do data.frame devem estar reservadas. Recomenda-se que sejam destinadas a informaes bsicas como parcela, nome da espcie e nmero do indivduo. O nome da coluna referente ao nmero dos indivduos deve ser igual a "N". As medidas, sejam de PAP, DAP ou AB, devem aparecer a partir da quarta coluna, sequencialmente, de acordo com o nmero mximo de ramos estabelecido, primeiramente as medidas do tempo 1 (inicial) e secundariamente as medidas do tempo 2 (final).
Ex:
			^ Parcela ^ Espcie ^ N ^ PAPinicial1 ^ PAPinicial2 ^...^ PAPinicialn ^ PAPfinal1 ^ PAPfinal2 ^ ... ^ PAPfinaln ^ Classe ^ 
		
No deve existir nenhum campo de PAP, DAP ou AB sem valor (NA). Para os indivduos que no possuem determinada ramificao, deve-se preencher o respectivo campo com zero (0). Caso o data.frame possua apenas os dados para os clculos da funo, o cdigo > x[is.na(x)]=0 pode ser utilizado antes de aplicar a funo. Recomenda-se que o usurio verifique atentamente os campos da planilha que podem ser preenchidos por zero.
     
Deve ser informado o nmero de classes a serem comparadas no argumento classe e existir uma coluna do data.frame com o nome "Classe" com a numerao da classe dos indivduos.

Aps o estudo dos grficos apresentados deve-se responder a pergunta que aparece no R-console. Caso a resposta seja "n"  calculado o teste t, para a comparao de duas classes; e o teste de ANOVA, para a comparao de trs classes. Caso a resposta seja diferente  calculado o teste no-paramtrico Wilcoxon rank sum test (Mann-Whitney), para a comparao de duas classes; e o teste de Kruskal-Wallis, para a comparao de trs classes. 
 
  
Value:

A funo retorna um data.frame com as colunas originais  dos dados de entrada e com as colunas referentes s converses das medidas de PAP, DAP e AB do tempo inicial e final; ao dimetro equivalente inicial e final;  rea basal total inicial e final; e  Taxa de Crescimento Relativo "TCR" dos indivduos.   

PAP1,..., PAPn, PAPf1,..., PAPfn 
DAP1,..., DAPn, DAPf1,..., DAPfn
AB1,..., ABn, ABf1,..., ABfn
AB.total.t0
AB.final.tf
DAP.eq.t0
DAP.eq.tf
TCR 		

Se existirem indivduos com TCR negativa, um alerta com o nmero dos indivduos  apresentado no R-console.
Caso o argumento teste seja TRUE  impresso no R-console uma janela grfica com o histograma, o boxplot, o qqnorm e a qqline das classes de individuos com TCR>0 (indivduos que cresceram no perodo de tempo considerado).
Aps a resposta do usurio a pergunta realizada  impresso no R-console o resultado do teste estatstico.
  

Warning:

Os vetores com as medidas devem ser numricos para a efetivao dos clculos. 
A funo no salva o data.frame criado.  


Note:

 necessria a utilizao de uma funo do pacote "plotrix". Caso o usurio no possua o pacote o mesmo pode ser instalado pelo comando:
> install.packages("plotrix").

Para a comparao de duas classes de interesse numere previamente a coluna "Classe" dos indivduos com o nmero 1 ou 2.
Para a comparao de trs classes numere previamente a coluna "Classe" com o nmero 1, 2 ou 3, de acordo com o grupo estabelecido ao qual pertence o indivduo. 
 

Author:

Hebert Kondrat
hebberkon@hotmail.com


References:

WELDEN, C. W., HEWETT, S. W., HUBBELL, S.P. & FOSTER, R.B. 1991. Sapling survival, growth, and recruitment: relationship to canopy height in a neotropical forest. Ecology 72(1): 35-50.


Examples:

## 1. Aplicao da funo tcr.analises ao conjunto de dados "teste1"
## Baixe o arquivo "teste1.csv"
       
# Duas classes 

x=read.table("teste1.csv", sep=";", header=TRUE, as.is=T)
y=tcr.analises(x, medida="PAP", n.max.ramos=5, delta.t=6, teste=TRUE, n.classes=2)
y # data.frame criado	

# Trs classes

y=tcr.analises(x, medida="PAP", n.max.ramos=5, delta.t=6, teste=TRUE, n.classes=3)
y	

## 2. Criao de um data.frame qualquer
      
set.seed(3)
AB1=sample(rep(c(6,8,10,15,30,50,100), times=c(15,15,10,10,5,3,2)))
set.seed(3)
AB2=sample(rep(c(5.8,6.2,6.5,7,7.7,8.2,8.5,9,9.8,10.1,11,12.5,0,16,17,18,31,33,34,54,60,70,150,180),times=c(2,3,5,3,4,3,5,5,2,2,4,2,2,2,4,2,1,2,2,1,1,1,1,1)))
x=data.frame("Parcela"="","Espcie"=paste("sp", 1:60, sep=""),"N"=1:60,"AB1"=AB1,"AB2"=AB2,"Classe"=rep(1:3,each=20))
	
# Aplicao da funo aos dados gerados (medida=AB e n.max.ramos=1).

tcr.analises(x, medida="AB", n.max.ramos=1, delta.t=6, teste=TRUE, n.classes=3)